Le certificat freebox n’a rien à voir avec celui de HA, ni avec la redirection vers HA. Il est là pour sécurisé l’accès à l’interface d’administration de la freebox.
Depuis le départ, tu mélanges tout, et ça ne va rien changer de tout réinstaller.
Tout est expliqué dans ce post Accéder a Home Assistant depuis l’extérieur en HTTPS avec un NDD Freebox et Let's Encrypt et il faut bien le suivre à la lettre.